Quantitative Analyses of SMN1 and SMN2 Based on Real-Time LightCycler PCR:

傲慢与偏见

SMN2基因的检测
用于SMA患者SMN2拷贝数的检测，同时判断和SMA类型以及患者存活期之间的相关关系。
分析了188名I型患者，110名II型患者，77名III型患者的SMN2基因拷贝数。
用了SYBR Green I染料法和Hyprobe探针两种方法进行检测，结果有4个患者的数据，两种方法检测出的结果区别较大。
另外，有4个患者（证实为3个杂合子，一个纯合子）用探针法检测发现熔解峰发生变化，PCR产物进行测序，发现SMN2基因中发生一个核苷酸的突变，其中一人(4429号受试者）是两条染色体上均发生突变，另3个为一条染色体上有突变（如，4437号受试者），另一条染色体为野生型SMN2。突变位点正好位于探针处，因此熔解峰发生改变。

傲慢与偏见

进一步检测375名SMA患者的SMN2基因。
I型患者，80%有1-2拷贝SMN2基因，另20%有3拷贝SMN2基因。
II型患者，82%有3拷贝SMN2基因，11%有2拷贝，7%有4拷贝SMN2基因。
III型患者，96%有3-4拷贝SMN2基因，4%有2拷贝的SMN2基因。

傲慢与偏见

观察到SMN2拷贝数和SMA表现型呈强相关。
但是这种相关性也不是绝对的，可能的原因在于：
(1) 由其他修饰基因或者内在因素引起的SMN2基因发生变异。
(2) SMN2基因存在基因内突变
(3) SMN2基因出现缺失或者翻转等。
为验证第一种可能存在的原因：
分析13个SMA家庭中和患者单倍体相合性的同胞，他们SMN1发生同合子突变，但是没有表现出SMA的症状。
验证第二种可能存在的原因：前面实验数据已经显示在SMN2基因里是能发生点突变的，exon 7 (G278R)。
验证第三种可能存在的原因：（这部分数据和C272 (Ag1-CA) 和 C212 有关，看的不是很明白，需要抽空再看再分析）

傲慢与偏见

对113例I型患者进行SMN2拷贝数和生存时间的相关性进行研究。
9名有1个拷贝SMN2基因的患者平均存活时间为7个月。
94名有2个拷贝SMN2基因的患者平均存活时间为8个月，其中六名活到21个月。
10名有3个拷贝SMN2基因的患者平均存活时间为37.5个月，其中8名存活时间33-36个月，这8名中的6名 有三个Ag1-CA等位基因。
基于Kaplan-Meier生存曲线，能计算出I型患者SMN2拷贝数的多少和生存时间之间的相关性。

傲慢与偏见

预测SMA患者疾病严重程度
结合SMN2的拷贝数，我们可以根据后验性概率推算出SMA患儿发病的型别。
只有1个拷贝数SMN2，发展为I型患者的概率>99%
有2个拷贝数SMN2，发展为I型患者的概率>97%
有3个拷贝数SMN2，发展为II型患者的概率>83.6%
有4个拷贝数SMN2，有83.6%概率能发展为III型患者。
说明SMN2的拷贝数可以作为一个判断SMA患儿发病型别的预测工具。

傲慢与偏见

讨论部分摘抄笔记：
本研究建立了SMN1，SMN2基因拷贝数检测的定量PCR实验。对于遗传咨询和携带者筛查，以及鉴定有复杂性突变的患者有意义。
染色单体上有多拷贝的SMN1基因或者基因内突变会干扰对实验结果的判断。
根据已有报道的数据，健康人染色体发生单染色体有两拷贝SMN2基因的概率有20/834（2.4%），即4.8%的携带者被误诊。
另外，有3.4%的携带者存在基因内突变或者缺失，但是用SMN1的定量PCR方法同样可能误诊。

SMN2拷贝数的多少和疾病的严重程度呈负相关，SMN2定量PCR方法的建立有助于检测到SMN2的拷贝数，对于预测患儿的疾病类型，制定临床治疗方案等都有意义。