Robust quantification of the SMN gene copy number by real-time TaqMan PCR

潇湘妃

先前资料显示在SMA患者皮肤纤维细胞中比对照人群SMN水平较低，因此，SMA纤维细胞可以用做检测样本或者药物筛选。
本研究中用到5个对照和30个SMA患者（12个I型，13个II型，5个III型）的纤维细胞进行研究，可见对照中能检测到2拷贝SMN1基因，所有患者检测不到SMN1。SMN2的拷贝数检测出来和病情严重程度呈负相关，并且和血液来源的样本检测一致。

潇湘妃

讨论区摘要

95%的SMA患者纯合缺失SMN1基因，余下的患者多为一个SMN1缺失，另一个SMN1基因发生点突变，这种情况容易造成误诊。目前，通过LightCycler或者TaqMan技术可以 建立SMN基因拷贝数的检测实验，该技术优势明显，无辐射，灵敏度高，高通量。

本研究尝试了已建立的几种实时PCR方法检测基因拷贝数，但是无法进行有效的等位基因特异性扩增，对已有方法进行改进，① 在3‘端倒数第三位引入一个T-G的错配突变；② 反应中加入阻断剂寡核苷酸。实验中发现对SMN2的扩增效率低于SMN1，为获得同等效率的扩增，SMN2的引物浓度调整为比SMN1引物浓度稍高一些。高浓度的引物会降低PCR的严谨性，这也解释了SMN2检测需要加SMN1 blocker提高特异性的原因。

以往文献中建立的荧光定量PCR对于样本来源要求比较严，DNA样本来自于血液，并且需要用同样的方法进行提取基因组。本文建立的荧光定量PCR方法更高效，对样本来源和DNA的提取方法要求降低，可以分析不同方法，不同样本来源，不同实验室来源的样品。