Relationship between the Cervical Microbiome, HIV Status, and...

傲慢与偏见

傲慢与偏见

摘要：
目的：几乎所有宫颈癌患者都与人乳头瘤病毒(HPV)感染有关，撒哈拉以南非洲地区是HIV感染的重灾区，其中，HPV感染引起的发育不良同时受到HIV感染的影响。本研究即为研究宫颈菌群在宫颈发育不良中起什么样的作用。
方法：采集144例坦桑尼亚妇女的宫颈病变中细胞刷样本，扩增16S rRNA基因的v4高变区，并进行深度测序。
结果： 用16s rRNA分析工具a多样性分析（chao1、pd树和OTU估值）显示在HIV阳性患者（p= 0.01）菌群丰度明显高于HIV阴性患者。在HIV阳性患者中，高级别鳞状上皮病变患者比无病变患者细菌丰度要高。根据OTU估算，与高级别鳞状上皮内病变最相关的菌群种类是支原体，假单胞菌和葡萄球菌。
结论：慢性支原体感染宫颈可能通过持续炎症导致HPV相关的宫颈发育不良。

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背景资料：
99%的子宫颈癌病因是由于HPV感染。此外，4.8%的癌症病例有HPV感染，在发展中国家，HPV带来的疾病负担更重，比如撒哈拉以南非洲地区HPV和14.2%的癌症有关。该地区除了子宫颈癌发病率高外，还是全世界HIV发病率最高的区域。
HIV和子宫颈癌之间的相关性研究发现，HIV和HPV感染的风险，感染HPV后致病性的严重程度都有关，高致病性的HPV基因型更容易感染HIV阳性患者，说明HIV感染后能提供一个更加适合HPV感染和复制的生存环境。

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Participants and ethical precautions.
本次关于宫颈微生物菌群的研究数据来源于一个关于HPV和宫颈癌，HIV阳性和阴性患者，城市和农村等关系的大型横断面队列研究。
参与者为坦桑利亚唯一的癌症治疗医院的患者，Ocean Road Cancer Institute (ORCI)。于2015年3月到2016年2月，招募正在接受宫颈癌筛查的女性患者。排除孕妇，月经期，不足18岁，免疫缺陷等等一些不符合入组条件的患者，采集了一共144例宫颈细胞刷样本，并对样本进行测序，134个样本产生至少1000个可读序列，数据有效，其中，132例有完整的HIV数据和宫颈细胞学检查数据。

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统计数据收集:
所有参与者都经过临床医生的评估，签订知情同意书，通过使用一套预先测试的标准化问卷来收集数据。同时经患者许可，从医院病历中回顾性检索病史。在问卷中确定和评估了30多个变量。本论文从问卷中用到的数据仅有年龄，和实验室检查数据（帕氏涂片、冰醋酸实验，CD4计数，HPV基因分型，HIV-1血清学检测）。
受试人群平均年龄为37岁，在144例样品中，41例为HIV阳性，103例为HIV阴性。144例样本中有134例进行HPV实验和深度测序，87例HIV-HPV+，39例HIV+HPV+， 8例HIV-HPV-，无HIV+HPV-病例。
Among HIV samples, HPV had a statistically
significant effect (P  0.02) on the cervical microbiome (Fig. 1B and C). Those microbes
which were enriched in HPV samples were Bacteriodetes and fusobacteria. Also, there
was a decrease in Actinobacteria. Cervical cytology was determined to be negative for
intraepithelial lesion or malignancy (NILM) in 23 samples, low-grade squamous intraepithelial
lesions (LSIL) in 72 samples, and high-grade squamous intraepithelial lesions
(HSIL) in 50 samples. Visual inspection with acetic acid (VIA), the standard for cervical
lesion detection in Tanzania, was carried out immediately following sample collection.
Twenty-six patients were found to be VIA positive for cervical lesions and 115 were VIA
negative. All VIA-positive samples were identified as LSIL or HSIL, while several VIAnegative
samples were found to be NILM, LSIL, or HSIL by pap smear. Odds ratios were
used to identify risk factors for testing VIA positive. Testing HIV, HSIL, having 5