0009 M13噬菌体相关信息整理

黄帮主 · 发表于 2019-10-3 12:44:33

本帖最后由黄帮主于 2021-1-27 10:35 编辑

M13噬菌体是一种丝状噬菌体，内有一个环状单链DNA，长6407个核苷酸，含DNA复制和噬菌体增殖所需的遗传信息。M13 DNA的复制起始位点定位在基因间隔区IG内。

M13 噬菌体只感染F+(含F质粒，能产生性菌毛)的大肠杆菌。感染宿主后通常不裂解宿主细胞，而是从感染的细胞中分泌出噬菌体颗粒，宿主细胞仍能继续生长和分裂。但生长水平比未感染组低。

黄帮主 · 发表于 2019-10-3 12:47:56

本帖最后由黄帮主于 2020-11-9 17:24 编辑

M13噬菌体的蛋白大小：
蛋白I：348aa
蛋白II：410aa
蛋白III：424aa
蛋白IV：426aa
蛋白V：87aa
蛋白VI：112aa
蛋白VII：33aa
蛋白VIII：73aa
蛋白IX：32aa
蛋白X：111aa
蛋白XI：108aa

黄帮主 · 发表于 2019-10-25 01:38:28

本帖最后由黄帮主于 2021-1-27 10:21 编辑

辅助噬菌体的制备和滴定
整理后的操作protocol
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已经更新为最新版

黄帮主 · 发表于 2020-10-17 22:50:50

本帖最后由黄帮主于 2020-11-9 18:41 编辑

M13噬菌体载体的定向克隆
实验操作步骤见附件
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黄帮主 · 发表于 2020-10-18 13:21:50

本帖最后由黄帮主于 2020-11-9 17:25 编辑

寡核苷酸定点诱变法是人工获得特定核酸定点突变的一种方案。dU-ssDNA作为突变用模板，制备高纯度的dU-ssDNA是实验成功的关键一步。

实验操作步骤见附件
登录后可以自由下载

黄帮主 · 发表于 2020-11-3 11:30:51

本帖最后由黄帮主于 2021-1-22 14:17 编辑

pI 功能:噬菌体的装配，能穿过M13感染细菌的内膜，与噬菌体的pIV和宿主编码的硫氧还蛋白相互作用，也可能识别噬菌体DNA上的装配信号用以起始噬菌体的装配。
核苷酸序列：
atggctgtttattttgtaactggcaaattaggctctggaaagacgctcgttagcgttggtaagattcaggataaaattgtagctgggtgcaaaatagcaactaatcttgatttaaggcttcaaaacctcccgcaagtcgggaggttcgctaaaacgcctcgcgttcttagaataccggataagccttctatatctgatttgcttgctattgggcgcggtaatgattcctacgatgaaaataaaaacggcttgcttgttctcgatgagtgcggtacttggtttaatacccgttcttggaatgataaggaaagacagccgattattgattggtttctacatgctcgtaaattaggatgggatattatttttcttgttcaggacttatctattgttgataaacaggcgcgttctgcattagctgaacatgttgtttattgtcgtcgtctggacagaattactttaccttttgtcggtactttatattctcttattactggctcgaaaatgcctctgcctaaattacatgttggcgttgttaaatatggcgattctcaattaagccctactgttgagcgttggctttatactggtaagaatttgtataacgcatatgatactaaacaggctttttctagtaattatgattccggtgtttattcttatttaacgccttatttatcacacggtcggtatttcaaaccattaaatttaggtcagaagatgaaattaactaaaatatatttgaaaaagttttctcgcgttctttgtcttgcgattggatttgcatcagcatttacatatagttatataacccaacctaagccggaggttaaaaaggtagtctctcagacctatgattttgataaattcactattgactcttctcagcgtcttaatctaagctatcgctatgttttcaaggattctaagggaaaattaattaatagcgacgatttacagaagcaaggttattcactcacatatattgatttatgtactgtttccattaaaaaaggtaattcaaatgaaattgttaaatgtaattaa
氨基酸序列：348aa
MAVYFVTGKLGSGKTLVSVGKIQDKIVAGCKIATNLDLRLQNLPQVGRFAKTPRVLRIPDKPSISDLLAIGRGNDSYDENKNGLLVLDECGTWFNTRSWNDKERQPIIDWFLHARKLGWDIIFLVQDLSIVDKQARSALAEHVVYCRRLDRITLPFVGTLYSLITGSKMPLPKLHVGVVKYGDSQLSPTVERWLYTGKNLYNAYDTKQAFSSNYDSGVYSYLTPYLSHGRYFKPLNLGQKMKLTKIYLKKFSRVLCLAIGFASAFTYSYITQPKPEVKKVVSQTYDFDKFTIDSSQRLNLSYRYVFKDSKGKLINSDDLQKQGYSLTYIDLCTVSIKKGNSNEIVKCN

黄帮主 · 发表于 2020-11-3 13:57:41

本帖最后由黄帮主于 2023-8-16 16:13 编辑

pII蛋白参与噬菌体基因组的复制
氨基酸序列：410aa
MIDMLVLRLPFIDSLVCSRLSGNDLIAFVDLSKIATLSGINLSARTVEYHIDGDLTVSGLSHPFESLPTHYSGIAFKIYEGSKNFYPCVEIKASPAKVLQGHNVFGTTDLALCSEALLLNFANSLPCLYDLLDVNATTISRIDATFSARAPNENIAKQVIDHLRNVSNGQTKSTRSQNWESTVTWNETSRHRTLVAYLKHVELQHQIQQLSSKPSAKMTSYQKEQLKVLSNPDLLEFASGLVRFEARIKTRYLKSFGLPLNLFDAIRFASDYNSQGKDLIFDLWSFSFSELFKAFEGDSMNIYDDSAVLDAIQSKHFTITPSGKTSFAKASRYFGFYRRLVNEGYDSVALTMPRNSFWRYVSALVECGIPKSQLMNLSTCNNVVPLVRFINVDFSSQRPDWYNEPVLKIAZ
核苷酸序列：atgattgacatgctagttttacgattaccgttcatcgattctcttgtttgctccagactctcaggcaatgacctgatagcctttgtagacctctcaaaaatagctaccctctccggcattaatttatcagctagaacggttgaatatcatattgatggtgatttgactgtctccggcctttctcacccttttgaatctttacctacacattactcaggcattgcatttaaaatatatgagggttctaaaaatttttatccttgcgttgaaataaaggcttctcccgcaaaagtattacagggtcataatgtttttggtacaaccgatttagctttatgctctgaggctttattgcttaattttgctaattctttgccttgcctgtatgatttattggatgttaacgctactactattagtagaattgatgccaccttttcagctcgcgccccaaatgaaaatatagctaaacaggttattgaccatttgcgaaatgtatctaatggtcaaactaaatctactcgttcgcagaattgggaatcaactgttacatggaatgaaacttccagacaccgtactttagttgcatatttaaaacatgttgagctacagcaccagattcagcaattaagctctaagccatccgcaaaaatgacctcttatcaaaaggagcaattaaaggtactctctaatcctgacctgttggagtttgcttccggtctggttcgctttgaagctcgaattaaaacgcgatatttgaagtctttcgggcttcctcttaatctttttgatgcaatccgctttgcttctgactataatagtcagggtaaagacctgatttttgatttatggtcattctcgttttctgaactgtttaaagcatttgagggggattcaatgaatatttatgacgattccgcagtattggacgctatccagtctaaacattttactattaccccctctggcaaaacttcttttgcaaaagcctctcgctattttggtttttatcgtcgtctggtaaacgagggttatgatagtgttgctcttactatgcctcgtaattccttttggcgttatgtatctgcattagttgaatgtggtattcctaaatctcaactgatgaatctttctacctgtaataatgttgttccgttagttcgttttattaacgtagatttttcttcccaacgtcctgactggtataatgagccagttcttaaaatcgcataa

黄帮主 · 发表于 2020-11-3 23:02:15

本帖最后由黄帮主于 2023-8-16 20:28 编辑

pIII蛋白
核苷酸序列：
gtgaaaaaattattattcgcaattcctttagttgttcctttctattctcactccgctgaaactgttgaaagttgtttagcaaaaccccatacagaaaattcatttactaacgtctggaaagacgacaaaactttagatcgttacgctaactatgagggctgtctgtggaatgctacaggcgttgtagtttgtactggtgacgaaactcagtgttacggtacatgggttcctattgggcttgctatccctgaaaatgagggtggtggctctgagggtggcggttctgagggtggcggttctgagggtggcggtactaaacctcctgagtacggtgatacacctattccgggctatacttatatcaaccctctcgacggcacttatccgcctggtactgagcaaaaccccgctaatcctaatccttctcttgaggagtctcagcctcttaatactttcatgtttcagaataataggttccgaaataggcagggggcattaactgtttatacgggcacttttactcaaggcactgaccccgttaaaacttattaccagtacactcctgtatcatcaaaagccatgtatgacgcttactggaacggtaaattcagagactgcgctttccattctggctttaatgaggatccattcgtttgtgaatatcaaggccaatcgtctgacctgcctcaacctcctgtcaatgctggcggcggctctggtggtggttctggtggcggctctgagggtggtggctctgagggtggcggttctgagggtggcggctctgagggaggcggttccggtggtggctctggttccggtgattttgattatgaaaagatggcaaacgctaataagggggctatgaccgaaaatgccgatgaaaacgcgctacagtctgacgctaaaggcaaacttgattctgtcgctactgattacggtgctgctatcgatggtttcattggtgacgtttccggccttgctaatggtaatggtgctactggtgattttgctggctctaattcccaaatggctcaagtcggtgacggtgataattcacctttaatgaataatttccgtcaatatttaccttccctccctcaatcggttgaatgtcgcccttttgtctttggcgctggtaaaccatatgaattttctattgattgtgacaaaataaacttattccgtggtgtctttgcgtttcttttatatgttgccacctttatgtatgtattttctacgtttgctaacatactgcgtaataaggagtcttaa
氨基酸序列：

VKKLLFAIPLVVPFYSHSAETVESCLAKPHTENSFTNVWKDDKTLDRYANYEGCLWNATGVVVCTGDETQCYGTWVPIGLAIPENEGGGSEGGGSEGGGSEGGGTKPPEYGDTPIPGYTYINPLDGTYPPGTEQNPANPNPSLEESQPLNTFMFQNNRFRNRQGALTVYTGTFTQGTDPVKTYYQYTPVSSKAMYDAYWNGKFRDCAFHSGFNEDPFVCEYQGQSSDLPQPPVNAGGGSGGGSGGGSEGGGSEGGGSEGGGSEGGGSGGGSGSGDFDYEKMANANKGAMTENADENALQSDAKGKLDSVATDYGAAIDGFIGDVSGLANGNGATGDFAGSNSQMAQVGDGDNSPLMNNFRQYLPSLPQSVECRPFVFGAGKPYEFSIDCDKINLFRGVFAFLLYVATFMYVFSTFANILRNKESZ

黄帮主 · 发表于 2020-11-4 19:04:19

本帖最后由黄帮主于 2023-7-26 13:37 编辑

由PIII蛋白由406个氨基酸组成，分子量约42.6Kda。
PIII蛋白有一段很长的亲水区，由2个甘氨酸丰富的区域分成N端的N1和N2区以及C末端区。
N端的两个区域调节噬菌体感染宿主细胞，C端维持结构的稳定。
PIII蛋白在噬菌体的感染性和维持噬菌体的稳定性方面是必须的，而且在终止噬菌体组装和释放噬菌体粒子方面也有重要作用。
在噬菌体感染宿主大肠杆菌时，PIII蛋白会作为吸附蛋白吸附到宿主菌的纤毛上，从而开启噬菌体感染大肠杆菌的过程。

黄帮主 · 发表于 2020-11-4 21:39:28

本帖最后由黄帮主于 2020-11-9 18:40 编辑

IV蛋白
核苷酸序列：

atgaaattgttaaatgtaattaattttgttttcttgatgtttgtttcatcatcttcttttgctcaggtaattgaaatgaataattcgcctctgcgcgattttgtaacttggtattcaaagcaatcaggcgaatccgttattgtttctcccgatgtaaaaggtactgttactgtatattcatctgacgttaaacctgaaaatctacgcaatttctttatttctgttttacgtgctaataattttgatatggttggttcaattccttccataattcagaagtataatccaaacaatcaggattatattgatgaattgccatcatctgataatcaggaatatgatgataattccgctccttctggtggtttctttgttccgcaaaatgataatgttactcaaacttttaaaattaataacgttcgggcaaaggatttaatacgagttgtcgaattgtttgtaaagtctaatacttctaaatcctcaaatgtattatctattgacggctctaatctattagttgttagtgcacctaaagatattttagataaccttcctcaattcctttctactgttgatttgccaactgaccagatattgattgagggtttgatatttgaggttcagcaaggtgatgctttagatttttcatttgctgctggctctcagcgtggcactgttgcaggcggtgttaatactgaccgcctcacctctgttttatcttctgctggtggttcgttcggtatttttaatggcgatgttttagggctatcagttcgcgcattaaagactaatagccattcaaaaatattgtctgtgccacgtattcttacgctttcaggtcagaagggttctatctctgttggccagaatgtcccttttattactggtcgtgtgactggtgaatctgccaatgtaaataatccatttcagacgattgagcgtcaaaatgtaggtatttccatgagcgtttttcctgttgcaatggctggcggtaatattgttctggatattaccagcaaggccgatagtttgagttcttctactcaggcaagtgatgttattactaatcaaagaagtattgctacaacggttaatttgcgtgatggacagactcttttactcggtggcctcactgattataaaaacacttctcaagattctggcgtaccgttcctgtctaaaatccctttaatcggcctcctgtttagctcccgctctgattccaacgaggaaagcacgttatacgtgctcgtcaaagcaaccatagtacgcgccctgtag

氨基酸序列：426aa

MKLLNVINFVFLMFVSSSSFAQVIEMNNSPLRDFVTWYSKQSGESVIVSPDVKGTVTVYSSDVKPENLRNFFISVLRANNFDMVGSIPSIIQKYNPNNQDYIDELPSSDNQEYDDNSAPSGGFFVPQNDNVTQTFKINNVRAKDLIRVVELFVKSNTSKSSNVLSIDGSNLLVVSAPKDILDNLPQFLSTVDLPTDQILIEGLIFEVQQGDALDFSFAAGSQRGTVAGGVNTDRLTSVLSSAGGSFGIFNGDVLGLSVRALKTNSHSKILSVPRILTLSGQKGSISVGQNVPFITGRVTGESANVNNPFQTIERQNVGISMSVFPVAMAGGNIVLDITSKADSLSSSTQASDVITNQRSIATTVNLRDGQTLLLGGLTDYKNTSQDSGVPFLSKIPLIGLLFSSRSDSNEESTLYVLVKATIVRAL

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